教育部為提升偏遠地區教育水準及縮小城鄉差距，於民國79年10月開始籌設一所位於澎湖離島的大專學府，民國80年8月1日設立「高雄海專澎湖分部」，後於民國84年7月1日獨立設校，名為「國立澎湖海事管理專科學校」，民國89年奉准改制為「國立澎湖技術學院」，經過五年來本校師生共同的努力之下，並於民國94年8月1日奉准改名為「國立澎湖科技大學」。成立之初，基於國家經濟建設發展需要及逐漸增加中之休閒旅遊產業人力需求，培育專業之經營管理人才，於民國82年增設「觀光事業科」，經過六年多的經營規劃，於民國88年成立「休閒事業管理科」，觀光事業科廢止，再配合澎湖地區之觀光發展，為提供觀光旅遊業人才，本校復於民國91年重設「觀光學系」，並於民國92年增設休閒事業管理科二專夜間部，後於民國93年再增設「休閒事業管理學系」及「休閒事業管理學系」進修部，休閒事業管理科二專夜間部停招。然而，本校所在地的澎湖縣，為一休閒觀光產業十分興盛之地區，為協助地方的休閒觀光產業發展，有必要擴大此相關領域的發達，所以本校於民國95年8月1日奉准成立「觀光休閒學系」，係分為觀光組、休閒組，為增進觀光人才培育，於民國96年設立「觀光休閒事業管理研究所」，並於民國97年8月1日將「觀光休閒學系」更改名為「觀光休閒系」，變更後民國98年以兩班招生不再分組。於民國101年增設「觀光休閒事業管理研究所在職專班」。為因應系所合一政策，本校原觀光休閒學院多系一所架構下成立的「觀光休閒事業管理研究所」及在職專班，於民國104年8月1日與本系合併，正式名稱為觀光休閒系(含碩士班)。